EMDR ile kişinin yaşadığı psikolojik sorun ve olumsuz duygu ve düşünceler üzerinde psikoterapi seansında çalışırken bileteral yani çift yönlü uyarım dediğimiz beynimizin sağ ve sol loblarının sistematik ve ritmik bir şekilde uyarılması ilkesinden faydalanılmaktadır. Beyin loblarının çift yönlü uyarımı aslında zaten beynimizin kendi kendine ve otomatik bir şekilde uyku esnasında yaptığı bir işlemdir. 

Beynimiz uykumuzda rüya gördüğümüz safha olan REM uykusunda bu işlemi otomatik olarak gerçekleştirir.  Beyin loblarının çift yönlü uyarım işlemini beynimiz gözlerimizi sağa ve sola hareket ettirerek sağlar. Her insanın göz yuvarları REM uykusunda ritmik bir şekilde ve belirli bir tempoda sağa ve sola hareket eder. Göz yuvarları sağa kaydığında sol beyin lobu, sola kaydığında ise sağ beyin lobu uyarılır ve aktive olur. Herkes, hatırlasın ya da hatırlamasın rüya gördüğünden beyin loblarının çift yönlü uyarımı uyku esnasında herkezde olur.

Günümüzde bu göz hareketlerinin rastgele bir şey olmadığını ve bir amaç uğruna beynimiz tarafından otomatik bir şekilde harekete geçirildiğini artık biliyoruz. Gözleri sağa ve sola hareket ettirerek beyin loblarının çift yönlü uyarılmasını sağlayan beynimizin amacı kişinin uyanıkken yaşadığı stres, olumsuz duygu ve olumsuz düşünceleri beynimizden atmaktır. Uykunun REM safhasında gördüğümüz rüyalar beynimizin kendini stresten ve olumsuz duygu ve düşüncelerden arındırdığı ve temizlediği bir dönemdir. Bu temizlenme ve arınma gözlerin sağa ve sola hareket etmesi sonucu oluşan beyin loblarının uyarılması sayesinde gerçekleşir. 

EMDR yönteminde, beynimizin zaten kullanıyor olduğu beyin loblarının çift yönlü uyarımı methodu psikoterapi seansı esnasında uygulanır ve böylece kişinin sahip olduğu stres, olumsuz duygu ve olumsuz düşünceler işlenerek ortadan kaldırılır. 

Özetlemek gerekirse EMDR psikoterapisi beynimizin doğasında var olan ve olumsuzlukları işlemede ve etkisiz hale getirmede kullandığı bileteral, yani çift yönlü uyarımı psikoterapistin seansta uygulamasına dayalı bir yöntemdir. Bu yöntemle beynimizin kendini iyileştirme kapasitesi harekete geçirilir ve böylece psikolojik sorunlar ortadan kaldırılır. 

Psikoterapi seansında beyin loblarının çift yönlü uyarımı için göz hareketlerinden yararlanılabildiği gibi, ses ve dokunsal uyarımlar da kullanılabilir.